Сегодня столкнулся с таким странным поведением. В форме редактирования jqGrid инициализирую плагин jQuery UI autocomplete. В dataInit, как положено. Но меню с выбором появляется под формой редактирования. В документации написано красным зачёркнутым, что нужно использовать setTimeout. Но это не работает. Меню выходит так же под формой. После долгих поисков нашёл решение. В параметрах редактирования в форме есть свойство zIndex. Оно по умолчанию равно 950. Нужно сделать его поменьше. Я, например, поставил 10, и после этого автодополнение стало работать как надо. Правда setTimeout оставил тоже на всякий случай.