«Мягкое» удаление — это когда запись не удаляется физически из базы, а только помечается как удалённая.
При использовании Hibernate вы можете реализовать это сами, а можете использовать трюк с аннотациями @org.hibernate.annotations.SQLDelete и @org.hibernate.annotations.Where. Читать далее «Мягкое» удаление в Hibernate